水肥一体化系统通常包括水源工程、首部枢纽、过滤系统、田间输配水管网系统和控制软件平台等部分，还会配套田间气象监测站、土壤墒情监测站。在实际生产中由于供水条件和灌溉要求不同，水肥一体化自动施肥系统仅由部分设备组成。
水源工程
江河、渠道、湖泊、井、水库均可作为水源，只要水质符合灌溉要求，均可作为灌溉的水源。为了充分利用各种水源进行灌溉，往往需要修建引水、蓄水和提水工程，以及相应的输配电工程，这些统称为水源系统。
水源工程主要涉及的控制系统有水泵启停控制系统，蓄水池水位远程监测系统等。根据泵房内的水泵、管路等，可灵活设计。
首部枢纽系统
其首部枢纽系统主要包括水泵、过滤器、压力和流量监测设备、压力保护装置、施肥设备（水肥一体机）和自动化控制设备。首部枢纽担负着整个系统的驱动、检控和调控任务，是全系统的控制调度中心。
过滤系统
精讯畅通，提醒您过滤设备是水肥一体化应用的必备设备，部分使用者错误的认为井水或其他水源很干净，不需要过滤，而事实上井水经常含有粗砂、细砂和一些化学物质，堵塞滴头。
因此，必须根据水源、水质、灌水器流道尺寸等选择过滤设备。常用的过滤器有离心式过滤器、筛网式过滤器、叠片式过滤器、砂石过滤器等。
水肥一体机是整个智能水肥灌溉系统的核心。水肥一体机以自控单元为核心，通过传感检测技术、微处理器技术、计算机技术等信息化技术，实现水肥供应的自动管理和分配。系统根据用户设定好的施肥比例、施肥时间及循环模式、EC/pH平衡条件等各种逻辑组合，由控制器通过一组注肥器电磁阀门和一套EC/pH监测系统适时适量定比例地将将各种肥料注入到灌溉管道中，自动完成施肥任务，合理控制水肥供应。
由干管、支管、毛管组成。干管一般采用PVC管材，支管一般采用PE管材或PVC管材，管径根据流量分配置,毛管目前多选用内镶式滴灌带或边缝迷宫式滴灌带；部及大口径阀门多采用铁件。干管或分干管的端进水口设闸阀，支管和辅管进水口处设球阀。
精讯畅通，提醒您输配水管网的作用是将处理过的水, 按照要求输送到灌水单元和灌水器，毛管是微灌系统的末一管道，在滴灌系统中，即为滴灌管，在微喷系统中，毛管上安装微喷头。